Pierwsze wzmianki o kościele w Cięcinie (Ecclesia de Czencina) pojawiają się w 1358 roku, w spisach pobieranego w Polsce świętopietrza z lat 1345-58. Późniejsze losy kościoła nie są znane. W czasach J. Długosza (+ 1480) Cięcina była wsią bez kościoła, należącą do parafii w Żywcu. W "Dziejopisie żywieckim" Andrzeja Komonieckiego pojawia się następująca wzmianka o początkach kościoła w Cięcinie: "Ten miał bydź założony i zbudowany na górze Brańków nazwanej, nad wsią Cięcina, gdyż w łęgu, gdzie grunt pański folwarczny, wieś była. A kędy kościół stoi, na tym miejscu przedtem był browar; w którym browarze w izbie gdzie kadzie stały gorzałczane był obraz św. Katarzyny, bez żadnej uczciwości, przed którym widywano świece gorewające, lecz to sobie lekceważono, aż piorun uderzył w ten browar i on zapalił. Po czym parafianowie wzruszywszy się pobożnością, kapliczkę małą naprzód zbudowali, w której się ledwo ludzi 50 wmieściło, i nazwano ją imieniem św. Katarzyny, po czym Kościół większy zbudowano i poświęcono (...)".


Informacje powyższe nie mają w pełni wartości historycznej, ale autor napisał je w oparciu o żywą, miejscową tradycję opartą na przekazie ustnym.

Obecny kościół w swej najstarszej części wzniesiony został w 1542 roku, jako kaplica filialna kościoła w Radziechowicach.

Kolejnym ważnym okresem w dziejach kościoła św. Katarzyny są lata 1666 - 1667, kiedy to staraniem ks. Stanisława Kaszkowicza - plebana radziechowskiego został znacznie rozbudowany przez powiększenie nawy i dostawienie wieży. Wydarzenie to zostało odnotowane pod datą 1666 roku w Dziejopisie A. Komonieckiego "(...) Tegoż roku kościół św. Katarzyny we wsi Cięcina przyczyniony jest i z dzwonnicą nową zbudowany staraniem Jego Mości księdza Stanisława Kaszkowicza, dziekana i proboszcza żywieckiego, a plebana radziechowskiego natenczas".


Kościół św. Katarzyny w Cięcinie do roku 1789 funkcjonował jako filia kościoła prafialnego w Radziechowicach. Pierwszym proboszczem powstałej na nowo parafii w Cięcinie został ksiądz Marceli Stupecki. Przez kilkadziesiąt lat nie dokonywano żadnych zmian w budynku kościelnym, dalsza rozbudowa nastąpiła dopiero w 1857 roku, kiedy to dobudowano nową zakrystię i skarbiec-oratorium.

W roku 1893, kiedy proboszczem był ks. Władysław Dobrzański rozpoczął się kolejny etap rozbudowy kościoła w Cięcinie. Pracami kierował Robert Fussgänger, budowniczy z Żywca. Dokonano wtedy wzdłużenia nawy i przesunięcia wieży na walcach ku zachodowi. W tym samym roku zbudowano także nowy babiniec i nową wieżyczkę na sygnaturkę.


W rok później, czyli w 1894 r. dobudowano mały przedsionek przylegający do babińca.

W 1895 roku dotychczasowa budowla powiększona została o kaplicę św. Franciszka z Asyżu (obecny przedsionek przy kaplicy dobudowany został dopiero w 1928 roku).

W następnym roku (1896) Antoni Stopka - artysta z Makowa Podhalańskiego wykonał malarstwo ścienne i stropowe. Kilkanaście lat później, w 1909 roku dach kościoła pokryto eternitem w miejsce starego pokrycia gontowego. W roku 1925 został zaprojektowany obecny hełm wieży (projektantem był krakowski architekt Wacław Krzyżanowski), gdyż poprzednia wieża z 1893 roku okazała się nieproporcjonalna w stosunku do wymiarów znacznie powiększonego kościoła. Realizacja projektu nastąpiła dopiero w roku 1932, kiedy to podwyższono ją o prawie 7 m. Po tej dacie nie rozbudowywano już kościoła św. Katarzyny, prowadzono jedynie bieżące prace remontowe. Do ważniejszych zaliczyć należy odnowienie wnętrza kościoła w latach 1949-51, kiedy to proboszczem był ksiądz Jan Bryndza. Wykonano wtedy malowanie ścian i sufitu oraz renowację ołtarzy i obrazów (złocenia i polichromia). W tym samym okresie wymieniono zgniłe, dolne płazy ścian. Działania zabezpieczające budowlę kontynuowano na początku lat sześćdziesiątych wykonując podmurówkę z kamienia pod zapadające się ściany zewnętrzne oraz wzmacniając je dwoma filarami z cegły.

Pod koniec lat szcześćdziesiątych i w latach siedemdziesiątych, w związku ze wzrastającą liczbą parafian i rozbudową osiedla mieszkaniowego w Węgierskiej Górce rozpoczęto starania o budowę nowego kościoła, ale ówczesna polityka państwa wobec kościoła nie sprzyjała szybkiej realizacji tego zamierzenia. W okresie starań o budowę nowej świątyni stary kościół utrzymywano w stanie używalności, dokonując tylko drobnych remontów.


Wieloletnie starania o budowę nowego kościoła zostały uwieńczone uzyskanie zezwolenia od władz państwowych. W latach 1976-1981, gdy proboszczem był ksiądz Tadeusz Masny wybudowano nowy kościół. Wmurowania kamienia węgielnego dokonał w roku 1978 ówczesny metropolita krakowski, kardynał Karol Wotyła, który potem jako papież przyjal imię Jan Paweł II.

Po ukończeniu budowy nowego kościoła pod wezwaniem Przemienienia Pańskiego, przy którym miesći się obecnie Urząd Parafialny w Cięcinie, kościół św. Katarzyny pełni funkcję kościoła pomocniczego.